El nombramiento del primer Cardenal venezolano fue motivo de controversias políticas, en buena medida desconocidas y a las que refiere con lujo de detalles en sus memorias el desaparecido canciller venezolano Miguel Ángel Burelli Rivas, condimentadas con los relatos de otros personajes que tuvieron acceso a los intríngulis de la designación del Príncipe de la Iglesia venezolana.
Como lógico aspirante a convertirse en purpurado, aparecía la egregia figura del arzobispo de Caracas, monseñor Rafael Arias Blanco, quien gozaba de inmenso prestigio en la iglesia y en el mundo político, pues su famosa pastoral denunciando a la dictadura militar en mayo de 1957, había sido fundamental, para lograr la compactación del amplio frente anti dictatorial que derrocó a Pérez Jiménez.
Monseñor Arias Blanco, muere en un accidente automovilístico en los primeros meses del renacer democrático, y siendo inminente el nombramiento del primer cardenal de la Iglesia Venezolana, se abre una polémica entre los partidos de la coalición gobernantes AD y COPEI, sobre quién debía ocupar esa distinción, que corresponde a la decisión papal. Mientras los adecos se inclinan por monseñor Juan José Bernal, obispo de Ciudad Bolívar, y quien había cultivado una estrecha relación con los presos de la dictadura en el penal de esa ciudad; los copeyanos, más inclinados a los temas eclesiásticos se pronuncian por monseñor José Rafael Pulido Méndez uno de los más distinguidos obispos venezolanos. Unas cartas de monseñor José Humberto Quintero, dirigidas a Pérez Jiménez y halladas en los archivos de Miraflores, fueron utilizadas como pretexto para oponerse a la candidatura cardenalicia de quien aparecía como el candidato favorito de El Vaticano.
Rómulo Betancourt, quien iniciaba su gobierno en 1959, en medio de grandes dificultades y oposiciones de sectores de izquierda y derecha que lo adversaban con encono, había buscado una línea de acercamiento con la Iglesia venezolana. A pesar de su proclamado ateísmo, y de las difíciles y conflictivas relaciones sostenidas con la jerarquía eclesiástica en el trienio 1945-1948, volvía al gobierno decidido a tener las mejores relaciones con todos los factores de poder, incluida la influyente Iglesia Católica.
Sin embargo adecos y copeyanos, se consorcian para pretender influir sobre la decisión vaticana, esbozando argumentos para objetar la designación de monseñor José Humberto Quintero, y proponer a un obispo más cercano a sus simpatías. Los doctores Arístides Calvani y Gonzalo Barrios encabezan una delegación que se entrevista con el Secretario de Estado de El Vaticano, para transmitirles las opiniones del Ejecutivo venezolano. La respuesta del alto funcionario se traduce en una fuerte reprimenda, especialmente para Calvani, de reconocida fe y filiación cristiana y conocedor de los métodos y procedimientos de la Iglesia, y la posición firme del vocero del vicario de Cristo y sucesor de San Pablo, de que la designación del cardenalato recaería sobre monseñor Quintero o se diferiría hasta que existieran en Venezuela condiciones para ello.
Informado Betancourt por los altos comisionados del infructuoso resultado de sus gestiones, decide realista y pragmático, acercarse a monseñor Quintero, y hacerle ver que el gobierno que preside se siente satisfecho de su designación como Cardenal. Desde entonces nacería una amistad entre el Jefe de la Iglesia y el Presidente de la República, que se iría estrechando con los años. Consciente el nuevo Cardenal venezolano del ateísmo del Jefe de Estado, fue poco a poco tratando de atraerlo para la fe, ese trabajo espiritual, lo inició pidiéndole que aun cuando no fuera creyente rezara una oración que le había construido especialmente para él y cuya invocación expresaba: ¡señor, si existes, salva mi alma si la tengo!
La sólida relación entre monseñor Quintero y Betancourt, sería clave para que la Iglesia jugara un papel activo y beligerante en los difíciles tiempos del nacimiento y la consolidación de la democracia venezolana, cuando desde la derecha reaccionaria o la izquierda castro-comunista, pretendieran retrotraernos en el camino de la libertad.